為什么不能用質(zhì)粒DNA抽提試劑來提取基因組DNA？

導(dǎo)讀

    為什么同樣抽提質(zhì)粒DNA的試劑不能用來抽提基因組DNA呢？差別很大么？要買兩種試劑盒真是麻煩啊！你還不要不相信，有小伙伴試過，還真沒抽提出來。今天小編就來和大家一起探究下原因！

基因組DNA的抽提，一般不會用到質(zhì)粒抽提的試劑盒，究其原因是由于兩者的原理*不同。兩者不都是DNA抽提么？其實關(guān)鍵在于這兩者在實驗的初始設(shè)計上就*不同。先給大家解釋一下質(zhì)粒抽提吧。

質(zhì)粒抽提

質(zhì)粒抽提通常用的是堿裂解法，一般的試劑盒都會有 SolutionⅠ，SolutionⅡ，SolutionⅢ，有的還會有 SolutionⅣ，然后是過柱子。

SolutionⅠ

    SolutionⅠ一般都是用來重懸菌液的，會加入RNaseⅠ，降解掉里面大腸桿菌的RNA。同時里面還會用Tris-HEI體系來維持一個pH，另外會加入較大量的EDTA，去螯合掉里面二價金屬離子，使菌體本身的DNase失活。其實用雙蒸水來代替SolutionⅠ問題也不大，關(guān)鍵就是把菌重懸起來就行。

Solution Ⅱ

    Solution Ⅱ，一般來說主要成分有兩個，就是NaOH和SDS，NaOH主要是用于破壞細(xì)胞膜結(jié)構(gòu)，強堿條件下，菌體的細(xì)胞壁結(jié)構(gòu)、細(xì)胞的磷脂雙分子層和微囊結(jié)構(gòu)的構(gòu)相都會發(fā)生變化。而SDS在這里主要并不是起到裂解蛋白的作用，而是結(jié)合氨基酸，一般兩個氨基酸可以結(jié)合一個SDS分子。菌體裂解后，其實小片段的質(zhì)粒已經(jīng)釋放出來了，而大片段的基因組DNA還結(jié)合在蛋白質(zhì)上。

Solution Ⅲ

    Solution Ⅲ的主要成分是醋酸鉀/醋酸緩沖液。首先長時間強堿環(huán)境下，DNA會斷裂，所以需要用醋酸進行中和，而鉀離子可以與SDS產(chǎn)生沉淀反應(yīng)，使可溶于水的十二烷基磺酸鈉變成不溶于水的十二烷基磺酸鉀。這樣結(jié)合蛋白質(zhì)的PDS就被沉淀下來了，同樣基因組DNA也同樣被沉淀了下來，用硅膠吸附釋放在上清里的質(zhì)粒，或者用無水乙醇對上清進行沉淀，即可獲得質(zhì)粒的DNA。

基因組DNA抽提

而普通的基因組 DNA 抽提，首先是裂解，用離子型的蛋白變性劑：CTAB 或者 SDS 對細(xì)胞進行裂解（加不加蛋白酶 K 其實并不太要緊），破膜的同時使得 DNA 從蛋白上解離下來。 加入高鹽溶液使蛋白質(zhì)沉淀。然后用酚仿，使蛋白質(zhì)沉淀變性在水相油相間，并分離出的可溶性蛋白。上清用異丙醇將 DNA 沉淀下來，同時低溫加入一定量的一價陽離子，可加速 DNA 沉淀。這些能和上述的質(zhì)粒抽提混為一談么？！當(dāng)然不行啊！ 

小伙伴們現(xiàn)在能明白為啥基因組 DNA 不能用質(zhì)粒抽提的試劑了吧……